El instituto cuenta con las siguientes áreas para cumplir sus funciones:

Dirección

La dirección tiene funciones técnicas y administrativas ejercidas por un Director. Este desarrolla su actividad enmarcado en los objetivos principales del Instituto.

Coordinación Administrativa

Tiene como objetivo fortalecer las actividades de gestión del Instituto a través de la planificación, coordinación y dirección en sus aspectos administrativos, presupuestarios, financieros, patrimoniales, mantenimiento, productivos, servicios generales y gestión de personal. Esto tiene como propósito lograr un eficiente funcionamiento, propendiendo al cumplimiento de los objetivos en un clima que facilite la realización de tareas de Investigación, Desarrollo y Extensión, garantizando el cumplimiento de las normas legales, reglamentarias administrativas que son de aplicación en el ámbito de la Universidad.

Coordinación Técnico-Profesional

Este departamento a su vez está conformado por las siguientes áreas: Área de Producción Agrícola, Área de Producción Forestal, Área de Producción Ganadera, Producción Frutihortícola, Gestión de residuos. Las áreas desarrollan sus tareas de investigación dentro de proyectos acreditados y financiados por la Secretaría General de Ciencia y Técnica de la UNNE. Las tareas de extensión se ejecutan dentro del Programa "La Universidad en el Medio" acreditados por la Secretaría General de Extensión Universitaria de la UNNE. En ambos casos el financiamiento es completado con los fondos propios del Instituto. También se desarrollan proyectos en el marco de la Secretaria General de Ciencia y Tecnología de la Nación y Políticas Universitarias.

Coordinación de Laboratorios

Se cuenta con un sector de Laboratorios donde se realizan análisis de Suelos, Vegetales, Abonos y Enmiendas y  Aguas.

Área de Difusión, Prensa y Publicaciones

Se cuenta con la con la Revista Agrotecnia, la cual se edita desde 1995. La misma cuenta con un director, una secretaría técnica y colaboradores. En ella se publican trabajos de distintos autores de todo el país. Además, se publica el Boletín Técnico como medio de divulgación de los trabajos realizados.