Organización

El instituto cuenta con las siguientes áreas para cumplir sus funciones:

Dirección
La dirección tiene funciones técnicas y administrativas ejercidas por un Director. Este desarrolla su actividad enmarcado en los objetivos principales del Instituto.

Investigación y Extensión
Este departamento a su vez está conformado por las siguientes áreas: Área de Producción Animal, Área de Producción Vegetal, Área de Biología de Suelos, Editorial de la Revista Agrotecnia y Boletín Técnico, Laboratorio de Suelos, Agua, Foliar y Abonos Orgánicos.
Las áreas desarrollan sus tareas de investigación dentro de proyectos acreditados y financiados por la Secretaría General de Ciencia y Técnica de la UNNE. Las tareas de extensión se ejecutan dentro del Programa "La Universidad en el Medio" acreditados por la Secretaría General de Extensión Universitaria de la UNNE. En ambos casos el financiamiento es completado con los fondos propios del Instituto.
También se desarrollan proyectos en el marco de la Secretaria General de Ciencia y Tecnología de la Nación y Políticas Universitarias.

Por otra parte, desde 1995 se edita la Revista Agrotecnia la cual cuenta con un director, secretaría técnica y colaboradores. En ella se publican trabajos de distintos autores de todo el país. Además, se publica el Boletín Técnico como medio de divulgación de los trabajos realizados.

Administración
Tiene como objetivo fortalecer las actividades de gestión del Instituto a través de la planificación, coordinación y dirección en sus aspectos administrativos, presupuestarios, financieros, patrimoniales, mantenimiento, productivos, servicios generales y gestión de personal. Esto tiene como propósito lograr un eficiente funcionamiento, propendiendo al cumplimiento de los objetivos en un clima que facilite la realización de tareas de Investigación, Desarrollo y Extensión, garantizando el cumplimiento de las normas legales, reglamentarias administrativas que son de aplicación en el ámbito de la Universidad.