El instituto cuenta con las siguientes áreas para cumplir sus funciones:

Dirección
La dirección tiene funciones técnicas y administrativas ejercidas por un Director. Este desarrolla su actividad enmarcado en los objetivos principales del Instituto.

Investigación y Extensión
Este departamento a su vez está conformado por las siguientes áreas: Área de Producción Animal, Área de Producción Vegetal, Área de Biología de Suelos, Editorial de la Revista Agrotecnia y Boletín Técnico, Laboratorio de Suelos, Agua, Foliar y Abonos Orgánicos.
Las áreas desarrollan sus tareas de investigación dentro de proyectos acreditados y financiados por la Secretaría General de Ciencia y Técnica de la UNNE. Las tareas de extensión se ejecutan dentro del Programa "La Universidad en el Medio" acreditados por la Secretaría General de Extensión Universitaria de la UNNE. En ambos casos el financiamiento es completado con los fondos propios del Instituto.
También se desarrollan proyectos en el marco de la Secretaria General de Ciencia y Tecnología de la Nación y Políticas Universitarias.

Por otra parte, desde 1995 se edita la Revista Agrotecnia la cual cuenta con un director, secretaría técnica y colaboradores. En ella se publican trabajos de distintos autores de todo el país. Además, se publica el Boletín Técnico como medio de divulgación de los trabajos realizados.

Administración
Tiene como objetivo fortalecer las actividades de gestión del Instituto a través de la planificación, coordinación y dirección en sus aspectos administrativos, presupuestarios, financieros, patrimoniales, mantenimiento, productivos, servicios generales y gestión de personal. Esto tiene como propósito lograr un eficiente funcionamiento, propendiendo al cumplimiento de los objetivos en un clima que facilite la realización de tareas de Investigación, Desarrollo y Extensión, garantizando el cumplimiento de las normas legales, reglamentarias administrativas que son de aplicación en el ámbito de la Universidad.
 

Allá por 1955, gracias a la participación de un grupo de personas se forma la Junta Organizadora de la Enseñanza Universitaria de Chaco que impulsaría la creación de la UNNE, del Instituto Agrotécnico, de un Departamento de Extensión Universitaria y de un Instituto de la Vivienda y Urbanismo.

El 16 de noviembre de 1955 marca una etapa decisiva en la historia del movimiento chaqueño en pro de la Universidad Nacional del Nordeste; con el anhelo popular y al desarrollo de la zona. En una memorable asamblea a la que asistieron representantes del gobierno de la Provincia, de instituciones culturales, sociales y gremiales y numeroso público, fue elegida la Junta Promotora del Chaco de la Universidad Nacional del Nordeste que, bajo la Presidencia del Dr. Arturo Lestani, trató de encauzar este movimiento a fin de realizar una campaña coordinada y sistemática de difusión y materialización de propósitos. Al mismo tiempo nacía en Corrientes su Junta Promotora. En Misiones se hacían las primeras manifestaciones, y Formosa, días después, constituía la suya.

Se realizó el Segundo Congreso Provincial Chaqueño en Presidencia Roque Sáenz Peña en mayo de 1956 donde se resolvió solicitar al Gobierno de la Intervención Nacional en la Provincia la inmediata creación del grado de enseñanza universitaria en el Chaco y el funcionamiento de un Instituto Agrotécnico que será el gran Instituto del Norte, señero de nuestras riquezas y posibilidades, cuyos diversos organismos, relacionados con la producción e industrias fundamentales del Chaco, abarcarán no solamente la investigación pura y la formación universitaria superior, sino también la preparación práctica para retornar al campo a la juventud, elevar sus condiciones de vida, entendiendo que tales organismos deben abarcar todo el ciclo educativo.

Así el Instituto Agrotécnico Fue creado en 1956, el mismo año de la creación de la Universidad Nacional del Nordeste. Su objetivo fue el de desarrollar programas de extensión rural e investigación aplicada en el ámbito de la región del nordeste argentino. En dicho año fue designado Director Organizador el Ing. Agr. Jorge Samuel Molina, docente de la Cátedra de Agricultura General de la Facultad de Agronomía de la Universidad de Buenos Aires, quien se hizo cargo de sus funciones el 1 de noviembre de 1957. Formó un equipo de trabajo incorporando a los ingenieros agrónomos Gustavo Lundberg, Pedro Manuel Fuentes Godo y Juan Quant Bermúdez. Este Equipo desplegó desde el comienzo una gran tarea de campo en toda la región NEA, encarando la resolución de los problemas junto con el hombre de campo. Pronto formaron con los productores el primer Grupo de Chacareros en el Consorcio Regional de Experimentación Agrícola (CREA) de la zona localizado en Presidencia Roque Sáenz Peña.

Los problemas más importantes de la región eran el monocultivo de algodón, en el Chaco, Formosa y norte de Santa Fe, la erosión hídrica en Misiones y la baja productividad ganadera de toda la región. Las actividades realizadas permitieron identificar que gran parte de esos problemas derivaban de un deficiente manejo de la cobertura vegetal del suelo y que básicamente estaban ligados a la dinámica del nitrógeno y el carbono. Desde entonces las líneas de investigación y las propuestas técnicas de extensión se basaron en el manejo de dichos nutrientes en las diferentes actividades productivas regionales.

La importancia de la dinámica del nitrógeno llevó a la creación de una planta piloto de producción de inoculantes, que funcionó como tal hasta que la producción de inoculantes de empresas privadas satisfizo la demanda del mercado.

Desde sus comienzos el Instituto estudió los problemas del campo con un enfoque sistémico. En este enfoque se han formado varias generaciones de egresados de la Facultad de Ciencias Agrarias.

Desde 1991 el Instituto lleva el nombre "Pedro M. Fuentes Godo", en homenaje a la brillante trayectoria y calidad humana de quien fuera su primer director.

Actualmente la actividad de los técnicos y profesionales del Instituto se fundamenta en detectar los problemas en campos de productores y encarar su estudio en el mismo campo, en parcelas experimentales y cuando es necesario en invernadero y laboratorios, para posteriormente volver al campo con propuestas adaptadas a las condiciones ecológicas y económicas del productor.

Desde el 2015 el Instituto además cuenta con un área de prensa y difusión para dar a conocer lo que se hace a la sociedad toda.